2005년
『동북아역사재단 설립·운영에 관한 법률안』 발의(국회 유기홍 의원 등 23명)
2006년
『동북아역사재단 설립·운영에 관한 법률』 제정(법률 제7955호)
김용덕 초대 이사장 취임
동북아역사재단 출범(설립 등기, 9.22.)
2007년
사이버독도역사관(www.dokdohistory.com) 개설
출범 1주년 국제학술회의 〈동북아의 협력을 위한 모색〉 개최
역사NGO세계대회 개최
동아시아 역사 화해를 위한 〈한국-베트남 국제 심포지엄〉 개최
2008년
동북아역사자료센터 개소
독도연구소 개소
〈동북아 역사인식 공유 한국-몽골〉 학술회의 개최
『하늘에서 본 고구려와 발해』 발간
『한일회담 외교문서 해제집 1-5』 발간

2009년
정재정 제2대 이사장 취임
네덜란드 헤이그시청에서 일본군‘위안부’ 전시
러시아 블라디보스토크에서 〈한국-러시아 외교 관계〉 학술회의 개최
2010년
『동아시아 공동체 설립과 평화 구축』 출간
2011년
『영토해양연구』 창간
『동아시아 국제질서 속의 한중관계』 출간
『동아시아의 역사 1-3』 발간
아스타나에서 『카자흐스탄의 바위그림』 출판기념회 개최
동북아역사DB포털 동북아역사넷(contents.nahf.or.kr) 개설

2012년
김학준 제3대 이사장 취임
독도체험관 개관
『동북아역사재단 6년의 활동과 지향: 갈등을 넘어 화해로』 출간

2013년
동북아·독도교육연수원 인가
외국인을 위한 동북아 역사아카데미 개최
『역주 일본서기』 출간
2014년
『중국정사 외국전 역주』 시리즈(전 29권) 완간
영토·해양 전문 영문 저널 『JTMS』 창간
사진작가 김중만의 ‘독도의 사계(四季)’ 제작 및 전시
〈광개토왕비 건립 1600주년〉 기념 국제학술회의 개최
〈우즈베키스탄 아프로시압 궁전벽화 사신 모사도〉 제작 및 국립박물관 전시

2015년
김호섭 제4대 이사장 취임
『동북아역사논총』 통권 50호 발간(12월)
『동북아역사문제』 통권 100호 발간(7월)
2016년
『간토대지진과 조선인 학살』, 『안중근과 동향평화론』 일본 출간
『백두산 고지도집』 출간

2017년
제5대 김도형 이사장 취임
재단-유로클리오 〈차이와 공존, 역사교육의 방향〉 국제학술회의 개최
『평안도 지역 고구려 산성』, 『아무르강의 어렵민, 허저족』 등 출간
2018년
동북아역사재단 중장기 연구계획 수립(5대 영역 20개 중점 과제)
북방사연구소, 국제관계와역사대화연구소, 일본군‘위안부’연구센터 개소
『고구려 통사』 편찬 시작
『일본군‘위안부’ 자료 목록집』 출간 및 홈페이지 자료 공개
『동북아역사재단 교양총서』 시리즈 기획 및 발간
2019년
독도체험관 독도전시실(광화문 소재) 개관
『한국의 대외관계와 외교사』, 『한국 고대사 자료집』 출간
〈충주 고구려비 발견 40주년〉 학술회의 개최

2020년
이영호 제6대 이사장 취임
『편역 사대문궤 2』 출간
『일제침탈사 연구총서·자료총서·교양총서(바로 알기 시리즈)』 기획 및 발간
